中国科学院大学外语系成立于1978年，目前设有外国语言文学硕士一级学科点和翻译硕士（MTI）专业学位授权点。外语系目前共有导师14人，主要研究方向为认知语言学、心理语言学、二语习得、语言测试、文体学、语料库语言学、语音学与音系学、语篇分析、功能语言学、笔译研究与实践和口译研究与实践。
外语系秉承教学与科研并重、科研服务教学的原则，逐步形成了语言学和翻译研究团队。语言学团队与中国科学院心理研究所等单位开展合作；翻译团队多次为中国科学院举办的各类大型学术活动承担翻译任务。
外语系目前与新西兰奥克兰大学、英国伦敦大学伯贝克学院合作建立了联合培养硕士研究生的项目。
2017年，外语系外国语言学及应用语言学专业继续接收硕士研究生，凡报考外国语言学及应用语言学专业（学术学位），考研总分及单科成绩均通过国家线的同学，可在3月17日-3月20日登陆中国研究生招生信息网调剂系统申请调剂中国科学院大学外语系外国语言学及应用语言学专业研究生。
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